La Escuela de Ciencia Política, se rige bajo el sistema de gobierno que desarrolla la Universidad que consiste en separar con total nitidez la administración patrimonial y el gobierno estratégico, de la administración del proyecto académico e intelectual. Lo primero -la integridad patrimonial de la universidad- está a cargo de un Directorio independiente, cuyos miembros son personalmente responsables por las decisiones que adoptan (Consejo Superior). Por su parte, el proyecto académico está a cargo del Rector, asistido por un Consejo Académico, en el que se encuentran representados profesores y estudiantes.
A nivel de facultades el trabajo académico se organiza de manera similar a la del Consejo Académico. Existe en cada una un Consejo de Facultad, cuerpo colegiado de carácter técnico, consultivo y asesor del decano/a; y Consejos de Escuela, que cumplen un rol equivalente a nivel de escuelas. Todos los consejos integran a los representantes de los alumnos. En el caso de la Escuela de Ciencia Política, participan de su Consejo de Escuela dos representantes (el o la presidente del Centro de Estudiantes y el o la representante del Consejo de Delegados).